肺部感染常见的病原菌种类是比较多的，常见可以由细菌性感染引起，例如肺炎链球菌、溶血性链球菌、葡萄球菌，革兰氏阴性杆菌中的绿脓杆菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯杆菌等也较为常见。
此外，非典型致病菌也较为多见，例如可以见于支原体、衣原体、军团菌等感染。
病毒类的感染致病原也比较多，例如鼻病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒等，部分患者还可因结核分枝杆菌感染引起肺结核，还有真菌类的感染，例如念珠菌、曲霉菌等。
当发生肺部感染时要根据患者的临床症状、基础情况、肺部影像学的检查等早期完善病原学的检测，才能更好的予以相应抗感染对症治疗。