利培酮最常见的不良反应为：帕金森样综合征，静坐不能，肌张力障碍，震颤，镇静，头晕，焦虑，视物模糊，恶心呕吐，上腹痛，胃部不舒服，消化不良，腹泻，便秘，口干，食欲增加，体重增加，疲乏、皮疹，充血，呼吸道感染，咽炎症，咽喉部的疼痛。
常见导致停药的不良反应有：恶心，嗜睡，镇静，呕吐，头晕，静坐不能。其中帕金森样综合征的表现有：锥体外系疾病，肌肉骨骼强直，齿轮状强直，运动徐缓，运动不能，面具脸，运动机能减退；静坐不能包括静坐不能和躁动；肌张力障碍有肌肉的痉挛，肌肉不能自主的收缩，眼球旋转，舌麻痹；比较严重的有恶性综合征（在用药过程中出现高热，肌肉强直，自主神经功能不稳定，意识障碍，肌酸磷酸酶水平升高，有可能会出现肌红蛋白尿，急性肾功能衰竭），迟发性运动障碍，还有代谢综合征（包括高血糖，高血脂，体重增加，高泌乳素血症，低血压等等这些副反应）。