甲状腺疾病大体上可以分为甲状腺功能的异常和甲状腺形态学上的改变，功能异常比如甲状腺功能亢进症，甲状腺功能减退症，其中甲亢和甲减的发病原因也是有所不同的。甲亢最常见就是弥漫性毒性甲状腺肿，是一种自身免疫异常导致的甲状腺毒症，甲减原因就比较多一些，比如自身免疫的异常，手术或碘131治疗使甲状腺破坏过多或是药物都可以影响甲状腺的功能导致甲减。
形态学，可能会出现甲状腺腺瘤或者是甲状腺癌的情况，这个也是属于甲状腺的疾病，还有就是甲状腺结节，有的甲状腺疾病尤其是结节囊肿，可能早期的时候没有很明显的临床表现。