小儿腹泻的病因有两大类，通常有感染因素和非感染因素。感染因素就是由各种病原体造成的肠道感染所以引起腹泻，最为常见的有病毒细菌及寄生虫，最常见的应该是病毒感染。一般秋冬季节80%到90%的婴幼儿腹泻都是由病毒感染造成，其中最常见的应该是鳞状病毒感染也叫秋季腹泻。
细菌感染引起的肠炎的一般多见于大肠杆菌引起的肠炎，非感染因素里边有两种，一种是饮食因素一种是气候因素。如果天气突然之间变凉，孩子腹部受凉都容易引起肠蠕动过快引起腹泻，或者是天气太热了孩子消化液分泌的少，也容易造成消化功能紊乱引起腹泻。
饮食因素通常有三种情况：
第一个，喂养不当。
第二个，过敏性腹泻。
第三个，乳糖酶不耐受造成的腹泻，喂养不当通常见于人工喂养的孩子，如果喂养定时，通常两个小孩三个小时喂次奶即可。如果不定时或者是突然喂的量太大太少，这都可能造成腹泻。