肛瘘术后住院时间需要根据病情才能决定。一般对于比较简单、单纯的低位肛瘘，住院时间比较短，一般6-7天，花费也比较少，而且预后也较好。但高位复杂性肛瘘住院时间相对更长，一般要待挂线脱落或挂线引流后逐渐换药，创面才能愈合，住院时间可能需要一个月，甚至更长，相应的花费也较多。
临床高位复杂性肛瘘患者，医生需要与患者充分沟通，如果有换药条件或其它较好条件，也可以带挂线回家自行换药，使其慢慢生长和修复，可以减少住院的总体时间，还有总体花费。
另外，比较简单的甚至可以做日间手术，就是从住院、手术、恢复在24-48小时内完成的就叫日间手术，一般都是比较轻微的患者采取日间手术方法。