疱疹性咽峡炎属于自限性疾病，病程一般在4天到6天，也就是说大部分患儿在4到6天后可以痊愈。但是，当患儿出现持续高烧一定要及时到医院就诊，尤其是疱疹性咽峡炎需要与疾病类似表现的疱疹性口炎、溃疡性口腔炎、麻疹、水痘等进行鉴别诊断。
目前肠道病毒没有特效药，一些疱疹性咽峡炎病症较轻的患儿，可以先进行观察，看症状是否会自愈。症状比较重的患儿，往往需要采用针对性的治疗，如高烧可以用布洛芬或对乙酰氨基酚等退烧药治疗；进食很少时可以给予补液治疗；同时也可以给予利巴韦林气雾剂等广谱抗病毒药物进行抗病毒治疗。
对于疱疹性咽峡炎，3岁以下的患儿家长要提高警惕，与年长患儿相比，3岁以下患儿发生重症的风险较高，不仅可以表现为持续发热、肢体抖动、呼吸及心率增快等类似重症手足口病的临床表现，部分重症患儿还可能出现脑炎、心肌炎等并发症。所以出现这些症状要及时送医就诊治疗。
另外，尽可能让患儿多喝水，因为咽部疼痛患儿可能不愿意喝温热的开水，所以可以给患儿喝适量的凉开水。患儿饮食上要清淡、柔软，避免吃酸的、烫的食物，此外还要注意卫生，定期打开门窗通风等，患儿玩过的玩具、用过的奶具、碗筷或其他衣物等生活用品都应彻底消毒。
如需用药，或想要了解更多用药知识，可以咨询医生或药师，在其指导下合理用药。