肾功能衰竭的病因是要根据急慢性肾功能衰竭的不同而有所不同的。
引起急性肾衰竭的原因有肾前性的因素、肾性的因素和肾后性的因素。肾前性的因素指的就是由于各种原因导致的肾脏缺血而导致的急性的肾脏衰竭，当患者存在休克、明显的低血压、大量的失血、失液以及心功能衰竭等情况的时候，肾脏是缺血的，可以导致急性肾衰竭。肾后性的原因主要指尿路出现了梗阻而导致尿液流出不通畅从而导致的肾衰竭，比如泌尿系统存在结石、肿瘤或者糖尿病的病人存在神经元性膀胱等原因，是可以导致肾后性的急性肾衰竭。肾性原因，是指患者的肾小球、肾小管、肾间质以及肾血管任何部位出现了损伤，而导致的急性肾衰竭。比如药物可以导致急性肾小管坏死，可以导致急性过敏性间质性肾炎，狼疮可以导致狼疮性肾炎，原发性的肾脏疾病急性发作等，这些急性病变都可以导致急性肾衰竭的发生。
而导致慢性肾衰竭的原因，主要是有遗传性肾病、继发性肾病和原发性肾病，比如遗传性肾病，如多囊肾potter的综合征。继发性肾病像药物性损伤、狼疮性肾炎、紫癜性肾炎、高血压肾病、糖尿病肾病等。原发性的肾病，比如经常见到的iga病、膜性肾病、细膜增生性肾小球肾炎等，都是慢性肾功能衰竭的相关原因。